El Waterpolo masculino comenzó su andadura en el Real Canoe Natación Club en el año 1932, gracias al impulso de Enrique Granados. Desde entonces, durante 92 años, la sección ha sido un bastión de talento y dedicación. Numerosos jugadores han dejado su huella en este deporte, participando en los Juegos Olímpicos en un total de 11 ocasiones, con la representación de 10 deportistas a lo largo de nuestra historia.

El Waterpolo femenino, aunque tuvo sus intentos en la década de los 90, encontró su verdadero impulso en 2011, coincidiendo con el resurgimiento del deporte femenino. La sección retomó la actividad, comenzando desde la base con la escuela y progresivamente incorporando difernetes categorías, desde Infantil hasta Absoluta. El esfuerzo y la dedicación dieron frutos con el ascenso a la máxima categoría del waterpolo femenino español, la División de Honor, en la temporada 22-23.

A nivel nacional, el Waterpolo masculino ha sido igualmente impresionante. Además, cabe destacar que el Real Canoe Natación Club fue el primer equipoo no catalán en ganar el título de la Liga de División de Honor en las temporadas 98-99 y 99-00. El Waterpolo femenino también ha dejado su huella, con victorias recientes en la Copa de Federación, la primera posición de Liga en 1ª División y el ascenso a División de Honor en la temporada 22-23.